Разницы практически быть не должно в шуме с и без, но когда ты выжимаешь сцепу у тебя вал отключается, а вот выжимной включается, он тоже может создавать новый шум.

Поясню, выжимной у меня не шумит при нажатой педали сцепления.
Шум присутствует когда педаль сцепления НЕ нажата.

такое ощущение, что с ремонтом меня развели, да грохот ушел.
Т.е. заклинивания сейчас уже не грозит.
.
А вот действительно ли меняли все подшипники, что именно поставили. и как собрали, покрыто мраком неизвестности.

Значит могли на первичном валу не снимать передний подшипник, который сальником закрыт со стороны картера сцепления, вот он и остался шуметь.