[kudrik]

Стетоскоп в уши. И слушать, с пристрастием, в сторону маховик, козина, выжимной. Пробуйте, как меняется стук при выжиме сцепл. Заодно проверить разбег кол/вала(на всяк случай)

"Что-то , где-то" стоит чуток наперекос/криво (или цепляет) вот откуда может быть глухой стук.

Т.Е. стучит не метал в лоб металлу.
А стучит "вскользь". Или где-то дисбалланс, а далее уже выходит глухой стук.