Хм... 1. НДС "взаимозачитывается", если предприятие продав что-то (кредит по НДС) покупает что-то (дебет по НДС).
2. потому и недолюбливают. Что оплата НДС ложится на предприятие, у которого бух-рия с НДС. То есть, при взаимодействии с безНДСным предприятием во второй части п.1 дебет по НДС не появляется.
3. НДС перерассчитывается на конец месяца. По этому конторы с небольшим оборотом стремятся избегать поступления платежей на свои счета в последние дни месяца. Этот НДС ложится на их хрупкие плечи и его надо погашать живыми деньгами.
Кажется так.