если при выжимании сцепления стук пропадает - 99%, что коробка. У самого так - пока налили ТАД-17 (из старых складских запасов). Стало тише. Но подшипники нужно менять. Если "в проблемах КПП не шарим" - ИМХО, самому лучше не лезт, а дать кому, что бы перебрали (у меня проще - у меня вторая коробка есть. И подшипники есть нормальные, "буржуйские", и что-то по остальному подсобрано. Но лень пока

. Хотя первый звоночек уже и был - 4-я "рычала" однажды. Так я на этой коробке уж 4-й год езжу).
Хотя в принципе ничего сложного там нет - тут (на сайте) где-то есть подробное описалово сего процесса. Глаза бояться - руки делают (если растут из того места)
А выжимной, как правило, не стучит, а "шуршит" или "пищит". А тут, иногда, "как дизель убитый"