Скачиваем утилиту для поиска/замены в множестве файлов. Например
http://www.wingrep.com/ (правда сам не пробовал), ищем старый путь в целевых файлах, меняем на новый.
Экспортируем реестр в текстовый файл, любым текстовым редактором, делаем также поиск/замену путей. Экспортируем обратно.