достал этот сервер!!!

[kkk]

Скорее всего проблема в том, что в настройки БД никто не лазил с момента установки, а с ростом нагрузки (в смысле количества всяких спамеров, ботов и прочих, ходящих на сервер одновременно) - выделенных ресурсов стало не хватать. Или, опять же из-за дефолтных настроек, вся база перестала помещаться в оперативку целиком, из-за чего начался дикий своп и тормоза. В общем, дело однозначно в базе, я пока потихоньку увеличиваю значения всяких переменных, и смотрю чо происходит

Конкретный вопрос, как вы и просили:

MySQL, после рестарта нивроткасмически быстро начинают расти значения переменных Handler_read_rnd и Handler_read_rnd_next, что, по идее, не совсем правильно. При условии, что индексы перестроены, это какой-то косяк настроек, или же так построены запросы движка форума, что так задумано, и не париться ?

Вот с этим пока непонятно, остальное вроде пока без проблем. Весь сервер ОК, винты физически исправны, тупняк - однозначно из-за базы.