Cтраховка

Как мне объяснили, стоимость высчитавется из средней стоимости по салонам города. поскольку, кажется, салон хонды у нас один - соответственно...

Ну, можно попробовать приплести "неофициальные" СТО, которые берутся за Хонды.
Сходи на консультацию к каким нибудь "нейтральным" экспертам-оценщикам.

Есть с чего - стойка боковая и задня - рихтовка, арка колеса заднего с крылом, порогнакладка багажника - по моим прикидкам как раз под 5 штук и буит.

Ну так это ж не впятеро больше лимита страховки...

Тоесть страховая к примеру возмещает не весь ущерб (ремон больше страхового лимита) и владелец подает всуд на погашение разницы? я так понимаю?

Не совсем так.
Есть договор страхования, в нем определны какие-то правила вычисления суммы страхового возмещения.
Есть законодательство, которое включает в себя методики определения суммы ущерба.
Первое со вторым легко может не совпадать. Ну мало ли, вдруг там космически дорогая страховка, подразумевающая после каждого ДТП длительнео восстановление нервной системы на канарских островах? Такие "навороты" ты оплачивать не обязан.
Может быть и наоборот - страховая сумеет изголиться, и выплатить меньше, чем насчитает эксперт. Тут таки да - разница с тебя.

Вот в соседнем посте - "мирная" схема решения вопроса. Думаю, в твоем случае тебе сделают аналогичное предложение, это страховой компании скорее выгодно: экономия на судебных издержках компенсирует задержку в возвращении денег. Да и сумма в пять килобаксов для страховой компании далеко не самая существенная.