После перепрошивки телефона...

[AndrAl]

ява приложение состоит из двух файлов.
один - собсвтенно само приложение
второй - ярлык с описанием настройками и требованиями той программы которую оно запускает.
при установке ПО программы прописываются в системе, независимо от их местоположения.
в таком случае можно провести аналог ярлыка в Windows - файла который запускает ПО но при этом существует независимо от того есть сама программа или нет.
в твоем случае получилось что приложения остались (на карте памяти) а все данные о них из системы удалены, и система не знает об их существовании.
фотки и музыка видятся просто потому, что папки стандартные и полагается что сожержимое этих папко стандартизировано.
а вот игры и программы с карточки памяти система телефона не восстанавливает